Ovisno o tome volite li miješati svoja ulja ili preferirate da je čist prije svake upotrebe, čistiti ga možete na dnevnoj ili tjednoj bazi, a jednom mjesečno bi mu trebali priuštiti dubinsko čišćenje.
Budući da ja stalno imam nešto u difuzoru i volim miješati razne kombinacije ulja, ne čistim ga svaki dan nego samo dodajem vodu i nova ulja. Trudim se koristiti destiliranu vodu samo zato što naša voda ima dosta kamenca, a par puta tjedno iskopčam difuzor iz struje i samo isperem dno te papirnatim ručnikom prebrišem i skinem eventualne nakupine kojih uglavnom ni ne bude.
Dubinsko čišćenje difuzora preporučujem da napravite jednom mjesečno na način da uzmete četkicu za zube (novu), malo medicinskog alkohola i iščetkate dno difuzora. Budite oprezni s onim malim metalnim dijelom i njega očistite uz pomoć alkohola i papirnatog ubrusa.
Ukoliko koristite svoj difuzor svaki dan, bitno je da ga održavate čistim kako bi radio dugo i sretno!